WiiUはゲームによってインストールが必要なものがあります。
インストールデータ(以下、更新データ)とセーブデータは
セットとして扱われ個別にコピー/移動することができません。
しかし、更新データのみを削除セーブデータを残せば
残ったセーブデータ単体のコピー/移動が可能です。
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セーブデータの転送先ストレージにゲームをインストールしなおせば
転送元と同じセーブデータでプレイが可能です。
※検証はゼルダの伝説 ブレス オブ ザ ワイルドでしか行っていません。 

というのも、外付けのHDDが長時間のアクセスに耐えられなくなり
5分以上続けてプレイできなくなってしまったのです。健康的すぎる。
数GBの更新データをコピーするには時間がかかるため
セーブデータも移行できず詰んだかと思いました・・・よかった・・・。